如果你的引物設計在了跨兩個外顯子的區域，則只能擴增cDNA而不擴增基因組引物不跨外顯子設計也可以，但是必須保證你用的逆轉錄試劑盒里面的gDNA Wiper 可以完全去除你的基因組，你實驗的時候可以做一個NRT的對照看一下有。

GATCC是BglII限制性內切酶的酶切位點，有可能輸入錯誤，正確應該是GATCT， TTTTTGGAAA是設計加上的特異性堿基，一般shRNA設計有固定的堿基，比如后面三個A，參考設計吧。

應該不是輸入錯誤GATCC是故意設計的，這樣正確連接上shRNA的質粒就不會被BalII切斷，可以以此來驗證shRNA有沒有被連接上自連的質粒會被BglII切斷成linear的通過跑膠就能看出區別。

siRNA和shRNA的設計有何區別 siRNA是小干擾rnashRNA是小發卡rna，一段rna單鏈，形成莖環結構部分雙鏈的小rna siRNA可以是天然產生也可以是人工導入的，shRNA一般都是指人工的 shRNA多是用dna載體構建，在宿主內自行轉錄成。

miRNA是低等和高等生物都存在的 作用在靶基因的mRNA 3’UTR區域 通過降解或者抑制翻譯來抑制靶基因表達 一條miRNA可以有多個靶基因 siRNA主要存在于低等生物 可以作用在靶基因的mRNA任何地方 通過降解來抑制表達 一般一條siRNA。